C. Autres informations sur le résumé

Le même formulaire de consultation des annotations donne aussi accès à d’autres informations comme présenté dans la figure 4.

Le résumé en entier est présenté en bas à droite. Juste au-dessus, on trouve des informations propres au résumé dans son entier comme le numéro Medline, l’IVI du résumé ou l’annotateur du résumé.

Le sous-formulaire, au haut à droite, présente la ou les phrases de Flybase qui ont un lien avec le résumé. La présence d’une description d’interaction est notée dans le champ validation. Pour plus de détail on se reportera au tableau 60 qui décrit la structure de la table des phrases extraites de Flybase. Cette table, dont la structure est provisoire est intitulée IPF_PF_IRM_.

Le sous-formulaire à gauche fournit des informations sur le calcul de l’IVI. Les informations présentées se rapportent à une des phrases du résumé. Dans le cas présent, il s’agit de la phrase de l’exemple 26. La colonne fréquence donne le nombre de phrases de Flybase qui utilisent le lemme associé au terme. Si elle est faible, cela peut expliquer une valeur inattendue de la spécificité.

Tableau 69 Interactions extraites par le programme (processus 2G)

Le seuil choisit pour l’IVI est –0,1. Le tableau est listé dans l’ordre alphabétique sur la première colonne puis sur la seconde colonne. Les interactions en gras ont été confirmées par l’expert.

Gène 1	Gène 2
abdominal A (abd-A)	Ultrabithorax (Ubx)
achaete (ac)	hairy (h)
armadillo (arm)	shaggy (sgg)
armadillo (arm)	wingless (wg)
bicoid (bcd)	hunchback (hb)
bicoid (bcd)	nanos (nos)
bicoid (bcd)	oskar (osk)
bicoid (bcd)	runt (run)
bicoid (bcd)	Serendipity delta (Sry-delta)
brahma (brm)	absent, small, or homeotic discs 1 (ash1)
cactus (cact)	dorsal (dl)
cdc2	Cdc37
cdc2c	Cyclin E (CycE)
clift (cli)	zeste (z)
concertina (cta)	folded gastrulation (fog)
copia element (copia)	Lighten up (Lip)
crossveinless (cv)	yellow (y)
Cyclin A (CycA)	cdc2
Cyclin A (CycA)	roughex (rux)
decapentaplegic (dpp)	hedgehog (hh)
decapentaplegic (dpp)	screw (scw)
decapentaplegic (dpp)	thickveins (tkv)
decapentaplegic (dpp)	tolloid (tld)
decapentaplegic (dpp)	wingless (wg)
dishevelled (dsh)	wingless (wg)
Distal-less (Dll)	Ultrabithorax (Ubx)
dorsal (dl)	decapentaplegic (dpp)
dorsal (dl)	Dorsal switch protein 1 (Dsp1)
dorsal (dl)	empty spiracles (ems)
dorsal (dl)	torso (tor)
dorsal (dl)	zerknullt (zen)
doublesex (dsx)	transformer (tra) {valide}
doublesex (dsx)	transformer 2 (tra2)
DP transcription factor (Dp)	E2F transcription factor (E2f)
dunce (dnc)	shibire (shi)
easter (ea)	snake (snk)
EGF receptor (Egfr)	rhomboid (rho)
engrailed (en)	extradenticle (exd)
engrailed (en)	Ultrabithorax (Ubx)
engrailed (en)	wingless (wg)
Enhancer of Polycomb (E(Pc))	Suppressor of zeste 2 (Su(z)2)
Enhancer of split (E(spl))	Notch (N)
even skipped (eve)	fushi tarazu (ftz)
extra macrochaetae (emc)	scute (sc)
fork head (fkh)	trithorax (trx)
groucho (gro)	hairy (h)
gurken (grk)	EGF receptor (Egfr)
gurken (grk)	rhomboid (rho)
gypsy element (gypsy)	flamenco (flam)
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein at 27C (Hr...	P-element somatic inhibitor (Psi)
Histone H1 (His1)	High mobility group protein D (HmgD)
huckebein (hkb)	serpent (srp)
huckebein (hkb)	snail (sna)
hunchback (hb)	Kruppel (Kr)
hunchback (hb)	nanos (nos)
inflated (if)	myospheroid (mys)
Jun-related antigen (Jra)	sevenless (sev)
knirps (kni)	knirps-like (knrl)
knirps (kni)	Kruppel (Kr)
pole hole (phl)	EGF receptor (Egfr)
Rac1	Cdc42
Ras oncogene at 85D (Ras85D)	rolled (rl)
sans fille (snf)	Sex lethal (Sxl)
Sex lethal (Sxl)	male-specific lethal 1 (msl-1)
Sex lethal (Sxl)	transformer (tra) {valide}
shaggy (sgg)	wingless (wg)
sloppy paired 1 (slp1)	sloppy paired 2 (slp2)
snail (sna)	twist (twi)
Stellate (Ste)	Suppressor of Stellate (Su(Ste))
Suppressor of Hairless (Su(H))	Hairless (H)
tolloid (tld)	tolkin (tok)
torso (tor)	Downstream of raf1 (Dsor1)
tube (tub)	pelle (pll)
white (w)	Lighten up (Lip)
wingless (wg)	Notch (N)

Tableau 70 Interactions extraites par l'annotateur

Les phrases prises en compte sont les mêmes que celles de mise en œuvre du processus 2G. Le sens n’est pas indiqué sur ce tableau. L’ordre de présentation des données est alphabétique (colonne 1 puis colonne 2). Les interactions en gras ont aussi été extraites par le programme (processus 2G).

Gène 1	Gène 2
achaete (ac)	hairy (h)
armadillo (arm)	shaggy (sgg)
armadillo (arm)	wingless (wg)
bicoid (bcd)	hunchback (hb)
bicoid (bcd)	nanos (nos)
bicoid (bcd)	runt (run)
bicoid (bcd)	Serendipity delta (Sry-delta)
blood element (blood)	Lighten up (Lip)
brahma (brm)	absent, small, or homeotic discs 1 (ash1)
cactus (cact)	dorsal (dl)
cdc2	Cdc37
cdc2c	Cyclin E (CycE)
clift (cli)	zeste (z)
concertina (cta)	folded gastrulation (fog)
copia element (copia)	Lighten up (Lip)
Cyclin A (CycA)	cdc2
Cyclin A (CycA)	roughex (rux)
decapentaplegic (dpp)	hedgehog (hh)
decapentaplegic (dpp)	screw (scw)
decapentaplegic (dpp)	thickveins (tkv)
decapentaplegic (dpp)	tolloid (tld)
dishevelled (dsh)	wingless (wg)
Distal-less (Dll)	Ultrabithorax (Ubx)
dorsal (dl)	decapentaplegic (dpp)
dorsal (dl)	Dorsal switch protein 1 (Dsp1)
dorsal (dl)	torso (tor)
dorsal (dl)	zerknullt (zen)
doublesex (dsx)	transformer (tra) {valide}
doublesex (dsx)	transformer 2 (tra2)
DP transcription factor (Dp)	E2F transcription factor (E2f)
EGF receptor (Egfr)	rhomboid (rho)
engrailed (en)	extradenticle (exd)
engrailed (en)	Ultrabithorax (Ubx)
engrailed (en)	wingless (wg)
Enhancer of split (E(spl))	Notch (N)
extra macrochaetae (emc)	scute (sc)
extra sexcombs (esc)	even skipped (eve)
exuperantia (exu)	transformer 2 (tra2)
fork head (fkh)	trithorax (trx)
gurken (grk)	rhomboid (rho)
gypsy element (gypsy)	flamenco (flam)
hairy (h)	knirps (kni)
hairy (h)	Kruppel (Kr)
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein at 27C (Hr...	P-element somatic inhibitor (Psi)
huckebein (hkb)	serpent (srp)
huckebein (hkb)	snail (sna)
hunchback (hb)	Kruppel (Kr)
hunchback (hb)	nanos (nos)
Jun-related antigen (Jra)	Ras oncogene at 85D (Ras85D)
Jun-related antigen (Jra)	sevenless (sev)
knirps (kni)	Kruppel (Kr)
male-specific lethal 2 (msl-2)	male-specific lethal 1 (msl-1)
pole hole (phl)	EGF receptor (Egfr)
Sex lethal (Sxl)	male-specific lethal 1 (msl-1)
Sex lethal (Sxl)	transformer (tra) {valide}
shaggy (sgg)	wingless (wg)
Stellate (Ste)	Suppressor of Stellate (Su(Ste))
Suppressor of Hairless (Su(H))	Hairless (H)
torso (tor)	Downstream of raf1 (Dsor1)
tube (tub)	pelle (pll)
white (w)	Lighten up (Lip)
wingless (wg)	Notch (N)

Figure 2 Formulaire d’annotations (graphiques synthétiques)

Figure 3 Formulaire d’annotations (comparaison des annotations)

Figure 4 Formulaire d’annotation (autres informations)

Figure 5 Schéma de la base de données

Les tables qui comptent moins de douze enregistrements ne sont pas représentées ici. Les traits représentent les relations. Pour plus de détail sur la signification de chaque relation, se reporter aux sections qui décrivent la table. Le code des tables est définit dans le