6. Complexité introduite par l’existence des allèles

Les allèles d’un gène sont les différents états que peuvent prendre un même gène chez un individu. Ce sont des variantes sur un même gène. Le dictionnaire que nous avons extrait de Flybase ne comportait pas initialement d’allèle. Cependant lors de l’annotation des textes nous avons rencontré des références à des allèles. Le tableau 13 en fait la liste.

Les gènes admettent des allèles. La colonne de droite donne le gène de référence pour l’allèle de la colonne de gauche. Ces exemples sont issus de l’annotation des textes.

Allèle	Gène
AntpNs	Antennapedia (Antp)
enhancer of rudimentaryp1 (e(r)p1)	enhancer of rudimentary (e(r))
E(z)1	Enhancer of zeste (E(z))
Psc1	Posterior sex combs (Psc)
Sce1	Sex combs extra (Sce)
ScmD1	Sex combs on midleg (Scm)
Su(z)2(1)	Suppressor of zeste 2 (Su(z)2)
tolloid-related-1	tolkin (tok)
white-apricot (wa)	white (w)
white-blood (wbl)	white (w)
wnt-1	wingless (wg)

Pour parler de la relation qu’entretient un gène avec ses allèles, nous définissons la notion de gène de référence. Le gène de référence d’un allèle est le gène associé à cet allèle. Le gène de référence d’un gène n’est autre que lui-même.

D’une part, les noms d’allèles sont souvent composés à partir de noms de gène. Les labels d’allèles participent donc au problème qui a été expliqué dans la section Partie 2 Chapitre 1 I.B.5.

D’autre part, quand un auteur décrit une interaction en citant un ou plusieurs allèles, il faut comprendre cette interaction comme ayant lieu entre le ou les gènes associés. Il est donc nécessaire de reconnaître les allèles dans les textes et de faire le lien entre l’allèle et le gène auquel il est associé. Nous avons donc introduit une rubrique allèle dans notre dictionnaire et nous avons complété notre dictionnaire avec les allèles rencontré dans les textes. Un lien entre l’allèle et son gène de référence a aussi été établi.