II. Couplage avec des
résultats d’expériences
Nous proposons une méthode pour obtenir des
informations sur les interactions génétiques ou
moléculaires. Cependant, d’autres méthodes existent. Ces
méthodes sont basées sur l’analyse de données
d’expressions obtenues en masse. Nous pensons, en particulier, aux
expériences sur puces à ADN. Nous pensons que notre
système pourrait avantageusement être adapté à
l’exploitation de ces résultats d’expériences. Il
s’agirait de coupler une base de données de résultats
d’expériences à une base de données bibliographique,
en l’occurrence Medline. C’est une idée qui a
été proposée par Dickerson et al. (2001) qui
travaillent sur un système d’extraction d’informations sur
les réseaux métaboliques à partir de résumés
de publications issus de Medline ou de la base de donnée
bibliographique Agricola.
Les informations
bibliographiques apporteraient vraiment "un plus" aux données
expérimentales d’expression. Ces données fournissent des
présomptions de relations entre les gènes mais elles ne donnent
pas de preuves définitives. Cette preuve définitive est à
rechercher dans une expérience in
vivo. Ce sont précisément des expériences de ce type
qui sont relatées dans la littérature. Ainsi, associer des
données d’expression à des publications serait un moyen
pratique de vérification.
Il nous semble que, d’une manière
générale, les systèmes d’extractions
d’informations à partir de textes donnent des résultats
insuffisants pour envisager une production en masse de données de
qualité. En revanche, si l’on se restreint à l’analyse
des gènes qui ont une raison particulière d’être en
interaction, les performances peuvent devenir acceptables. Ainsi, nous proposons
de coupler les systèmes d’extraction d’informations à
partir de textes à d’autres systèmes d’obtention
d’informations sur les interactions.
Dans ce cas, les textes relatant une
éventuelle interaction seraient sélectionnés par le
critère de la cooccurrence et ils seraient classés par ordre de
pertinence décroissante grâce à
l’IVI.
Ce couplage entre bases de données de
résultats d’expériences et bases de données
bibliographiques compléterait le couplage que nous avons
réalisé d’une encyclopédie électronique avec
une base de données bibliographiques. Ainsi, nous aurions deux exemples
complémentaires de couplage de bases de donnée factuelles avec une
base de données bibliographique.
