Les labels qui prêtent
à confusion avec des gènes de mammifères.
Dans les textes que nous analysons, il est parfois
question de gènes d’autres espèces biologiques comme dans
l’exemple ci-dessous.
Exemple 8 Confusion possible avec des gènes
de mammifères
Des gènes de mammifères ont les noms
qui se confondent avec ceux de la drosophile. Ici les occurrences
soulignées de E2F font référence à un
gène humain, alors que E2F est un synonyme de E2F transcription
factor (E2f) d’après Flybase.
The temporal activation of E2F transcriptional
activity appears to be an important component of the mechanisms that prepare
mammalian cells for DNA replication. Regulation of E2F activity appears to be a
highly complex process, and the dissection of the E2F pathway will be greatly
facilitated by the ability to use genetic approaches. We report the isolation of
two Drosophila genes that can stimulate E2F-dependent transcription in
Drosophila cells. One of these genes, dE2F, contains three domains that are
highly conserved in the human homologs E2F-1, E2F-2, and
E2F-3. Interestingly, one of these domains is highly homologous to the
retinoblastoma protein (RB)-binding sequences of human E2F genes. The
other gene, dDP, is closely related to the human DP-1 and DP-2 genes. We
demonstrate that dDP and dE2F interact and cooperate to give sequence- specific
DNA binding and optimal trans-activation. These features suggest that endogenous
Drosophila E2F, like human E2F, may be composed of heterodimers and may
be regulated by RB-like proteins. The isolation of these genes will provide
important reagents for the genetic analysis of the E2F
pathway.
Les auteurs font référence à des
gènes d’autres espèces pour donner des informations sur
l’homologie ou, d’une façon plus générale, sur
les ressemblances dans les propriétés ou fonctions des
gènes en question avec des gènes de la
drosophile.
Le problème se rencontre 13 fois dans
l’échantillon A. Le tableau 18
fournit les phrases concernées.
Tableau 18 Occurrence de gène de
mammifère
La colonne de droite donne le label qui prête
à confusion. Une référence à un gène de
mammifère ne doit pas être interprétée comme une
référence à un gène de drosophile.
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Phrase
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Label
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We show here that btd is expressed in a stripe
covering the head analgen of the segments affected in btd lack-of-function
mutants and that btd encodes a zinc-finger-type transcription factor with
sequence and functional similarity to the prototype mammalian transcription
factor Sp1.
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Sp1
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When expressed in the spatial pattern of btd, a
transgene providing Sp1 activity can support development of the
mandibular segment in the head of btd mutant embryos.
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Sp1
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This Musca protein, designated Musca PRI,
changes its pI upon illumination in vivo.
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PRI et PRIs
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Rabbit antibodies raised against Musca PRI,
against bovine arrestin, and against a synthetic peptide based on the Drosophila
PRI sequence stained the Drosophila and Musca PRIs specifically on 1 and
2-dimensional Western immunoblots.
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PRI et PRIs
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Both Drosophila and Musca PRIs incorporated
32P-radioactivity from gamma-32P-ATP in cell-free homogenates of
retinas.
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PRI et PRIs
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Partial peptide digestions of Drosophila and Musca
PRIs revealed similarity between these proteins.
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PRI et PRIs
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Mutations in the Drosophila gene extradenticle (exd),
a homologue of the human proto-oncogene pbx1, cause homeotic
transformations by altering the morphological consequences of homeotic selector
gene activity. exd has been proposed to act by contributing to the specificity
of selector homeodomain proteins for their downstream targets.
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pbx1
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The Drosophila protein Dorsal (which, like the human
protein NF-kappa B3, is a member of the Rel family of transcriptional
activators) activates the twist gene and represses the zen gene in the ventral
region of early embryos.
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Rel
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Nous constatons que dans la plupart des cas, il
suffit de compléter le dictionnaire en créant une rubrique pour
les gènes de mammifères. Nous n’avons pas
complété cette rubrique à l’aide de bases de
donnée de génétique de la souris, de l’homme ou des
mammifères. Nous avons simplement, et à titre expérimental,
complété cette rubrique avec les exemples que nous avons
trouvés au cours de l’annotation. Le tableau 19 liste les données ainsi
introduites.
Tableau 19 Gène de mammifère :
extrait du dictionnaire
Des gènes de mammifères qui ont
été rajoutés au dictionnaire des gènes. Seul les cas
effectivement trouvés dans les textes sont concernés. Ces
informations ont été introduites par l’annotateur à
titre expérimental, pour prouver la capacité du système
à correctement distinguer entre gène de drosophile et gène
d’autres espèces.
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Gène
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Label
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E2F-1
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E2F-1
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E2F-1
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human E2F
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E2F-2
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E2F-2
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E2F-2
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human E2F
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E2F-3
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E2F-3
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E2F-3
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human E2F
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human proto-oncogene pbx1
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human proto-oncogene pbx1
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mammalian transcription factor Sp1
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mammalian transcription factor Sp1
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mammalian transcription factor Sp1
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Sp1
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Musca PRI
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Musca PRI
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Musca PRI
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Musca PRIs
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D.
