1. Table de reconnaissance
des interactions
Les annotations sur les textes qui concernent les
interactions sont consignées dans la table Reconnaissance des
interactions. Cette table a pour nom CI pour reconnaissance des
Couples de gènes en Interaction. Le tableau
62 donne un exemple d’enregistrement.
Tableau 62 Table reconnaissance des
interactions
Ce tableau donne un exemple d’enregistrement de
la table. Dans la phrase 22180, l’expert a reconnu une interaction entre
achaete (ac) et hairy (h), cette interaction étant
orientée de second vers le premier.
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Champ
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Contenu
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Clef Interaction
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816
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N° Phrase
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22180
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Gène 1
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achaete (ac)
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Gène 2
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hairy (h)
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Problème
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Ordre
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Sens inverse
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Gène 1 absent
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Non
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Gène 2 absent
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Non
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Processus
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Expert
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Date
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21/04/00 17:08:15
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Par convention, le gène 1 est celui qui a le
plus petit numéro et le gène 2 est celui qui a le plus grand
numéro. La direction est précisée dans le champ
Ordre dont nous verrons les modalités dans la section 2.
Les modalités du champ Processus seront
expliquées dans la section 3.
Les champs Gène 1 absent et
Gène 2 absent servent à valider l’information selon
laquelle le partenaire numéro 1 ou 2 est absent de la phrase
concernée. En effet, cette information est en principe contenue dans la
table de reconnaissance des définitions de gènes, mais dans
certains cas, l’annotateur peut juger que d’une certaine
façon le gène est présent même si aucune de ses
définitions n’a été reconnue. Ceci est
illustré dans l’exemple suivant.
Exemple 24 Partenaire présent mais non
reconnu
Dans cette phrase une interaction entre dorsal
(dl) et cactus (cact) est implicitement affirmée par la
présence du complexe dl2cact, cependant le gène dorsal
(dl) n’est pas reconnu car dl2cact n’est pas
considéré comme un label de dorsal (dl). La présence
du champ Gène absent 2 permet à l’annotateur de
préciser que dorsal (dl) n’est pas absent de la phrase
contrairement aux apparences.
Complex 2 (270 kDa) consists of one complex 1 and
one cact molecule (dl2cact).
