1. Utilisation du contexte pour préférer une reconnaissance à une autre

1. Utilisation du contexte pour préférer une reconnaissance à une autre

Dans certain cas, nous voyons que c’est le contexte qui permet de comprendre le sens du texte. Voici un exemple en page 73.

Exemple 11 Interprétation et contexte

Le contexte est nécessaire pour l’interprétation. Ici le terme souligné Nos désigne non pas le gène Nitric oxide synthase (Nos), mais la protéine du gène nanos (nos).

Localization of the maternally synthesized nanos (nos) RNA to the posterior pole of the Drosophila embryo provides the source for a posterior-to- anterior gradient of Nos protein. Correct spatial regulation of nos activity is essential for normal pattern formation. High local concentrations of Nos protein in the posterior of the embryo are necessary to inhibit translation of the transcription factor Hunchback in this region, and thus permit expression of genes required for abdomen formation (see ref. 5 for review). By contrast, misexpression of Nos protein at the anterior of the embryo prevents translation of the anterior morphogen Bicoid, suppressing head and thorax development. Posterior localization of nos RNA is mediated by sequences within the nos 3' untranslated region (3'UTR) and requires the function of eight genes of the 'posterior group'. Although the unlocalized nos RNA is stable in embryos from females mutant for any of the posterior group genes, these embryos appear to lack nos activity because they develop the abdominal defects characteristic of embryos produced by nos mutant females. We report here that unlocalized nos RNA is translationally repressed. Translational repression is mediated by the nos 3'UTR and can be alleviated either by replacement of the 3'UTR with heterologous 3'UTR sequences or by posterior localization. Thus, RNA localization provides a novel mechanism for translational regulation.

Dans cet exemple, nous voyons que paradoxalement une définition de type nom synonyme (plus précisément du type protéine) doit être préférée à une définition de type symbole. Nous constatons que cette utilisation du contexte pour interpréter le label doit être faite au niveau du résumé entier et pas au niveau de la phrase.

Dans le précédent exemple, nous avons vu une préférence donnée à un gène sur un autre gène dans l’interprétation d’un label. Il se peut aussi que l’on donne, grâce au contexte, la préférence à un complexe de protéines au détriment d’un gène. Ceci est illustré dans l’exemple ci-après.

Exemple 12 Utilisation du contexte : cas d’un complexe de protéine

Un complexe de protéines est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Ici les occurrences soulignées de PS doivent être interprétées comme des références au complexe PS integrins (PS) et non au gène Presenilin (PS).

The two Drosophila position-specific (PS) integrins are expressed on complementary sides of sites where different cell layers adhere to each other, such as the attachments of the embryonic muscles to the epidermis. While there is suggestive evidence that the PS integrin-mediated adhesion is via the extracellular matrix, it is also possible that it occurs through the direct interaction of the two integrins, alpha PS1 beta PS and alpha PS2 beta PS. To help distinguish between these possibilities a comparison between the phenotypes caused by the absence of the beta PS subunit and the absence of one of the PS alpha subunits, alpha PS2, has been made. Two pieces of evidence are provided that prove that the alpha PS2 subunit is encoded by the locus inflated (if). Firstly, three new if alleles have been isolated, each of which is associated with a molecular lesion in the alpha PS2 gene, and each of which results in the complete loss of if activity. Secondly, a 39 kb fragment of genomic DNA that encompasses the alpha PS2 gene completely rescues if mutations when introduced into the germline by P- element-mediated transformation. A comparison of the null inflated phenotype with that of the locus that encodes the beta PS subunit, myospheroid (mys), reveals that while the beta PS subunit is required for the adhesion of the epidermis along the dorsal midline, the alpha PS2 subunit is not. In if mutant embryos, the muscles remain attached to the other cell layers significantly longer than in a mys mutant embryo. This shows that the alpha PS2 beta PS integrin only contributes part of the adhesive activity at the sites of PS integrin adhesion, and rules out a model where PS integrin function occurs solely by the direct interaction of the two PS integrins.

Le contexte permet aussi de lever l’ambiguïté qu’il peut y avoir avec des allèles. Voici un exemple en page 74.

Exemple 13 Utilisation du contexte : cas des Allèles

Un allèle est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Les termes soulignés wbl et wa font référence aux allèles white-blood (wbl) et white-apricot (wa) du gène white (w) et non aux gènes windbeutel (wbl) et warty (wa).

We are interested in identifying single gene mutations that are involved in trans-acting dosage regulation in order to understand further the role of such genes in aneuploid syndromes, various types of dosage compensation as well as in regulatory mechanisms. The Lighten up (Lip) gene in Drosophila melanogaster was identified in a mutagenic screen to detect dominant second site modifiers of white-blood (wbl), a retrotransposon induced allele of the white eye color locus. Lip specifically enhances the phenotype of wbl as well as a subset of other retroelement insertion alleles of white, including the copia-induced allele, white-apricot (wa), and six alleles caused by insertion of I elements. We isolated six alleles of Lip which are all recessive lethal, although phenotypically additive heteroallelic escapers were recovered in some combinations. Lip also suppresses position effect variegation, indicating that it may have a role in chromatin configuration. Additionally, Lip modifies the total transcript abundance of both the blood and copia retrotransposons, having an inverse effect on the steady state level of blood transcripts, while showing a non-additive effect on copia RNA.

Nous constatons dans cet exemple que, bien que la terminologie des gènes de la drosophile ait été faite avec suffisamment de rigueur pour qu’un symbole ne renvoie toujours qu’à un gène, cela n’est pas suffisant, car quand on regarde les choses au niveau des gènes et des allèles, il y a des ambiguïtés. Ici par exemple l’allèle white-abricot (wa) a un symbole qui se confond avec le symbole de warty (wa).

Dans un dernier cas de figure, ce que l’on préfèrera à un gène n’a rien à voir avec un gène. C’est ce que nous appellerons un objet spécifique. Le voici illustré ci-dessous.

Exemple 14 Utilisation du contexte : cas d’un objet spécifique

Un objet spécifique est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Le terme souligné AR est l’abréviation de adaptative response, il ne doit pas être interprété comme une référence au gène Adrenodoxin reductase (AR).

The effects of a low dose (0.1-20 mGy) preirradiation with X-rays followed by a higher dose (2 Gy) of the same radiation on the recovery of the genetic damage induced as dominant lethals in mature oocytes (stage 14) of different strains of Drosophila melanogaster were investigated. The response was shown to be dependent on the genotype of the flies tested, since lower frequencies of dominant lethals (DL) were only obtained in strains carrying the white mutation. Based on these observations experiments to locate the genetic factor responsible for the adaptive response (AR) were performed. This factor was found to be in a specific region of the X-chromosome. Additional experiments were carried out to give information on the minimal dose required to induce the AR. The results showed that the lowest dose needed is 0.2 mGy. Increasing the conditioning X-ray dose had no influence on the response.

Nous voyons dans cet exemple que l’objet spécifique adaptive response (AR) se comporte exactement comme un gène. Il sera donc intégré au dictionnaire comme les gènes, les complexes de protéines, les complexes de gènes et famille de gènes et les allèles. Cependant, une rubrique spéciale lui sera réservée.

L’étude de ces exemples nous permet de donner quelques définitions et d’établir des règles pour la reconnaissance des définitions.

Quand la reconnaissance d’une définition dans un texte est crédibilisée par la reconnaissance d’une autre définition du même gène, nous dirons que la reconnaissance est confirmée. Dans le cas contraire nous dirons qu’elle est isolée.

Dans le cas où, à une occurrence donnée d’un label dans un texte, n’est associée qu’une seule reconnaissance, nous dirons que cette reconnaissance est simple. Dans le cas contraire nous dirons qu’elle est multiple.

Nous avons vu que dans le cas de certaines contradictions du dictionnaire, il est nécessaire de privilégier une définition sur une autre. Par exemple, le label Nos sera préférentiellement associé au gène Nitric oxide synthase (Nos) plutôt qu’au gène nanos (nos). La définition A, qui associe Nos à Nitric oxide synthase (Nos) sera caractérisée de privilégiée, ce qui signifie qu’elle sera en général préférée à la définition B, qui associe Nos à nanos (nos). Il existe cependant des cas comme dans l’exemple en page 73, où la reconnaissance de la définition B est confirmée, alors que la reconnaissance de la définition A ne l’est pas. Dans ce cas, il faut effectuer la reconnaissance de B et ne pas effectuer celle de A.

Nous dirons donc que la définition B est à confirmer. Cela signifie qu’elle ne sera reconnue que s’il y a confirmation.

Nous voyons dans cet exemple que la reconnaissance de A ne se fait pas, parce qu’elle est multiple et qu’elle est non confirmée.

Nous venons de voir que le contexte permet de résoudre les problèmes des contradictions qui se trouvent dans le dictionnaire. Voyons maintenant comment nous pouvons l’utiliser pour résoudre le problème des labels ambigus.