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2. Utilisation du MeSH pour sélectionner les résumés
Pour sélectionner les phrases qui semblent décrire une interaction, nous n’avons utilisé que les termes utilisés dans le texte des résumés. Les termes d’indexation du résumé qui se trouvent dans le champ MeSH pourraient être utilisés. Le MeSH permet une approche synthétique des thèmes traités dans les résumés. Un certain nombre de termes MeSH pourraient être choisis. Ils serviraient alors de critère de sélection des résumés. Cette méthode a été utilisée par Stapley et Benoit dans leur travail sur la relation entre cooccurrences et fonction des gènes (2000).
Une autre manière d’utiliser le MeSH serait de faire une statistique sur les termes du MeSH comme nous l’avons fait sur les termes du résumé.
Nous pensons que l’utilisation du MeSH est une direction d’amélioration à privilégier car ce thésaurus est réputé être d’une grande qualité.
Tableau 74 Exemple d’identification de gènes dans un résumé
Le champ confiance est relatif à la définition désignée. Le champ reconnaître est relatif au label désigné. Le texte du résumé est donné Exemple 29.
N° phrase
Position
Processus
Prendre
Label
Gène
Confiance
Reconnaître
1
86
Expert
Oui
Regulator of postbithorax
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
1
86
Reconnaissance confirmée
Oui
Regulator of postbithorax
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
1
113
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
1
113
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
2
1
Expert
Oui
Rg- pbx
hunchback (hb)
correcte
Spécifié univoque
2
1
Définition ignorée
Non
Rg
rugose (rg)
non confirmée
Non renseigné
2
5
Reconnaissance confirmée
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
3
66
Expert
Oui
postbithorax
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
3
66
Reconnaissance confirmée
Oui
postbithorax
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
3
80
Expert
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
3
80
Reconnaissance confirmée
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
5
74
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
5
74
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
5
116
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
5
116
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
5
184
Label non confirmée
Non
labial
labial (lab)
correcte
Plutôt ambigu
6
67
Label non confirmée
Non
abdominal
abdominal (abd)
correcte
Plutôt ambigu
7
35
Label non confirmée
Non
similar
similar (sima)
correcte
Plutôt ambigu
7
89
Expert
Oui
hunchback
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
7
89
Reconnaissance confirmée
Oui
hunchback
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
7
100
Expert
Oui
hb
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
7
100
Reconnaissance confirmée
Oui
hb
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
8
33
Expert
Oui
Rg- pbx
hunchback (hb)
correcte
Spécifié univoque
8
33
Définition ignorée
Non
Rg
rugose (rg)
non confirmée
Non renseigné
8
37
Reconnaissance confirmée
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
8
45
Expert
Oui
hb
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
8
45
Reconnaissance confirmée
Oui
hb
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
9
100
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
9
100
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
9
132
Label non confirmée
Non
early
lodestar (lds)
à confirmer
Plutôt ambigu
9
132
Label non confirmée
Non
early
early (eay)
privilégiée
Plutôt ambigu
10
37
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
10
37
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
10
129
Expert
Oui
fushi tarazu
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
10
129
Reconnaissance confirmée
Oui
fushi tarazu
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
10
143
Expert
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
10
143
Reconnaissance confirmée
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
11
37
Expert
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
11
37
Reconnaissance confirmée
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
11
58
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
11
58
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
12
55
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
12
55
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
12
113
Expert
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
12
113
Reconnaissance confirmée
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
12
129
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
12
129
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
13
33
Expert
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
13
33
Reconnaissance confirmée
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
13
37
Expert
Oui
Rg- pbx
hunchback (hb)
correcte
Spécifié univoque
13
37
Définition ignorée
Non
Rg
rugose (rg)
non confirmée
Non renseigné
13
41
Reconnaissance confirmée
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
13
46
Label non confirmée
Non
double
double
correcte
Plutôt ambigu
14
40
Expert
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
14
40
Reconnaissance confirmée
Oui
Rg-pbx
hunchback (hb)
correcte
Non renseigné
14
48
Expert
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
14
48
Reconnaissance confirmée
Oui
ftz
fushi tarazu (ftz)
correcte
Non renseigné
14
61
Expert
Oui
postbithorax
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
14
61
Reconnaissance confirmée
Oui
postbithorax
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
14
75
Expert
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
14
75
Reconnaissance confirmée
Oui
pbx
Ultrabithorax (Ubx)
correcte
Non renseigné
Tableau 75 Inventaire des cas d’erreurs sur l’échantillon B
La colonne + indique le nombre d’erreur par excès : le programme identifier par erreur un gène. La colonne - indique le nombre d’erreur par défaut : le programme a manqué d’identifier un gène. La colonne Tot. donne le total.
Problèmes
-
+
Tot.
Variation orthographique
35
12
47
Espace après un tiret
6
5
11
Rg- pbx dans le texte, Rg-pbx dans le dictionnaire


pbx
3
3
Rg- pbx
3
3
suppressor- of-white-apricot dans le texte, suppressor-of-white-apricot dans le dictionnaire


suppressor -of-white-apricot
1
1
suppressor- of-forked dans le texte, suppressor-of-forked dans le dictionnaire


suppressor- of-forked
2
2
forked
2
2
Parenthèses incorrects
8
4
12
su(wa] dans le texte, su(wa) dans le dictionnaire


su(wa]
2
2
su[f) dans le texte, su(f) dans le dictionnaire


su[f)
2
2
f
2
2
suppressor- of-forked (su(f] dans le texte (pas de parenthèse fermante)


su(f]
2
2
f
2
2
E(wa] dans le texte, E(wa) dans le dictionnaire


E(wa]
1
1
Défaut de confirmation de Enhancer-of-white-apricot à cause de la non reconnaissance de E(wa]


Enhancer-of-white-apricot
1
1
Espace avant et après les exposants exposants
12
12
su(wa) dans le texte, su(w a ) dans le dictionnaire


su(wa)
9
9
Non confirmation de suppressor-of-white-apricot à cause de la mauvaise reconnaissance de su(wa)


suppressor-of-white-apricot
2
2
E(wa) dans le texte, E(w a ) dans le dictionnaire


E(wa)
1
1
Coupure de mot
5
5
mastermind dans le texte, master mind dans le dictionnaire


master mind
1
1
night-blind-A dans le texte, nightblind A dans le dictionnaire


might-bling-A
1
1
beta 2- tubulin dans le texte, beta2-tubulin dans le dictionnaire


beta 2- tubulin
1
1
hsDfd inclus le gène Deformed (Dfd)


hsDfd
1
1
beta-galactosidase variente prévus de beta galactosidase mais confirmée dans aucun résumé


beta-galactosidase
1
1
Divers
4
3
7
dipeptidase-A dans le texte, Dipeptase A dans Flybase


dipeptidase-A
1
1
dipeptidase-B dans le texte, Dipeptase B dans le Flybase


dipeptidase-B
1
1
87E actin gene dans le texte, Actin 87E dans le dictionnaire


87E actin gene
1
1
ring et Ring interprété par erreur à cause d'une fausse confirmation


ring
2
2
Ring
1
1
Faute de frappe dans le texte


Sex comb on midleg dans le texte, Sex combs on midleg dans le dictionnaire


Sex comb on midleg
1
1
Manque du dictionnaire
20
20
Manque manifeste du dictionnaire
19
19
Les gènes DNA ligase I (DNA-ligI) et DNA ligase II (DNA-ligII) n’avait pas de nom complet dans le dictionnaire


DNA ligase I
10
10
DNA ligase II
9
9
Synonyme absent
1
1
alpha methyl dopa-resistant dans le dictionnaire
l(2)amd alpha-methyldopa hypersensitive sur Flybase


alpha-methyldopa hypersensitive dans le texte


alpha-methyldopa hypersensitive
1
1
Label ambigu
18
18
split
1
1
unpigmented
2
2
gel
2
2
se
1
1
Res
1
1
run
1
1
faint
1
1
arm
1
1
stranded
3
3
shut off
1
1
fat
2
2
Confusion avec le code d’une substance dans EC 1.2.1.3


2.1
1
1
dorsal cuticle absent des termes spécifiques


dorsal
1
1
Confusion entre entités
13
13
Confusion entre le gène Sd et le SD chromosome



SD
10
10
Confusion entre le gènes decapentaplegic et le complexe decapentaplegic


Le complexe était absent du dictionnaire


decapentaplegic
2
2
Reconnaissance à tord de antennapedia dans l’expression antennapedia and bithorax complexes


antennapedia
1
1
Divers
4
3
7
B2t elliminé sur liste par erreur


B2t
3
3
Ordre des mots inattendu


Responder (Rsp) locus dans le texte, Responder locus (Rsp) dans le dictionnaire


Responder
1
1
Label imprécis
3
3
reconnaissance à tord d'alphaTubulin84B (alphaTub84B) par alpha-tubulin


alpha-tubulin
3
3
Total
59
46
105

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