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a. Structure de données pour les résumés
  1. La table des résumés
Les 744 résumés que compte la base de données sont contenus dans une table. Le tableau 39 présente un exemple d’enregistrement de cette table. La table est intitulée RM pour Résumé Medline..
Tableau 39 Table des résumés
Est présenté ici un enregistrement parmi d’autre de la table des résumés Medline.
Champ
Signification
Contenu
IRM
Clef primaire
94326643
RM
Texte du résumé
Successive alternative cell fate choices in the imaginal disc epithelium lead to the differentiation of a relatively invariant pattern of multicellular adult sensory organs in Drosophila. We show here that ...
IO
Origine
Lié à Flybase
PIR
IVI
-0,07
PIR1
IVI variante
-0,04
Vu
Annoté entiérement
Oui
AIR
Alias Numéro
455
IA
Annotateur
Bernard 2
Date
Date de création de l’enregistrement
21/04/00 16:27:55
Le numéro utilisé comme clef primaire n’est autre que le numéro utilisé par la base de données Medline. Le champ AIR fournit un deuxième système de numérotation, qui est propre à la base de données. Il s’agit du numéro d’ordre dans la présentation des résumés dans le formulaire d’annotation. Le texte du résumé a été tronqué pour améliorer la présentation. Deux champs sont consacrés à l’IVI de façon à permettre une comparaison entre différentes méthodes de calcul de cet indice. Nous n’avons pas utilisé l’intitulé IVI car le préfixe I est réservé aux clefs. Le champ Vu permet de savoir si le résumé à été annoté manuellement à la fois pour la reconnaissance des définitions de gènes et pour l’identification des interactions.
  1. Les tables annexes
  2. Structure de données pour le suivi de l’annotation
L’annotation s’est faite en plusieurs temps et par différentes personnes. Pour mémoriser ce qui a été fait sur chaque résumé, un champ dans le résumé est consacré à cette information. Ce champ intitulé IA contient une référence à un enregistrement de la table des annotateurs (AR). Le contenu de cette table est donné dans le tableau 40.
Tableau 40 Table des annotateurs
Cette table permet le suivie du processus d’annotation. La personne ainsi que le degré d’achèvement de la notation y est inscrit.
Clef
Annotateur
Description
1
à faire...
2
Ambroise 2
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes
3
Bernard 2
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes
4
Violaine 3
5
Denys 1
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes
6
Violaine et Deny 1
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes
7
Ambroise 1
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes
8
Bernard 1
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes
9
Ambroise 3
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, avec les groupes
10
Bernard 3
Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, avec les groupes
11
Ambroise 0
Interaction sans le sens. Pas de validation de la reconnaissance des gènes par les labels
  1. Structure de données pour l’origine de l’enregistrement
La base de données contient actuellement deux types distincts d’enregistrements. Le tableau 41 donne la description de ces deux types. La table est intitulée ORM pour Origine Résumé Medline..
Tableau 41 La table des origines des résumés
Les résumés de la base sont de deux types. Chaque enregistrement de la table représente un type.
IO
Origine
Commentaires
1
Lié à Flybase
Les résumés de ce type sont cités par au moins une phrase de l'échantillon issue de Flybase
2
Sans nom de gène
Les résumés de ce type n'ont pas en principe de nom de gène. Ils ont été choisits spécialement pour cette propriété.
b.
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