a. Structure de données pour les gènes ou objets assimilés

Les gènes ainsi que les objets qui peuvent leurs être assimilés sont contenus dans la table gènes et assimilés (GA) dont un enregistrement est présenté dans le tableau 43.

Champ	Contenu
Clef Gène	13
Objet	abdominal A (abd-A)
Symbole	abd-A
N° Flybase	14
Classe	Gène
Validation	Actif
Problème
Provenance	Flybase
Référant	abdominal A (abd-A)
Date	21/04/00 17:10:05

Le numéro du gène dans la base de données Flybase est conservé mais ne constitue pas la clef primaire. En effet, lors de l’introduction de nouveaux enregistrements, on ne peut pas garantir facilement que l’on n’utilise pas des numéros identiques à ceux que Flybase utilise pour ajouter de son coté, de nouveaux enregistrements.

Le champ légendé objet permet de donner un nom convivial à l’enregistrement. Au départ il est créé à partir du nom complet et du symbole du gène, mais il est librement modifiable par la suite.

Le champ symbole est une redite par rapport à l’information qui se trouve dans la table des définitions de gènes, mais sa présence est néanmoins utile car elle évite de faire référence sans cesse à cette table, ce qui aurait pour conséquence de ralentir l’affichage des formulaires de consultation de la base de données. Il est rempli au départ à partir des informations contenues dans la table des définitions.

La classe permet de gérer les rubriques du dictionnaire. Cette structure permet de traiter de la même façon des objets qui ne sont pas des gènes mais qui jouent le même rôle dans notre base de données.

Le champ référant permet de faire référence au gène père dans la relation d’allélisme. Un gène qui n’est l’allèle d’aucun autre gène fera référence à lui-même, comme c’est le cas dans l’exemple présenté dans le tableau 43.

Le champ validation permet d’invalider des enregistrements sans les supprimer de façon à permettre la mise à jour des données avec la base de données Flybase qui est la source des données. Seuls quelques enregistrements ont été invalidés car ils formaient des doublons.

Le dictionnaire est organisé en plusieurs rubriques selon la classe de l’objet considéré. La table Entité Biologique (EB) fait l’inventaire de toutes les modalités du champ classe. Le tableau 44 donne le contenu de cette table dans son exhaustivité.

Clef	Classe
1	Gène
2	Famille de protéines
3	Complexe de protéines
4	Complexe de gènes
5	Termes spécifiques
6	Famille
7	Allèle
9	Gène mammifères

Les gènes ou objets assimilés sont pour la plupart issus de Flybase mais un petit nombre d’entre eux ont été introduits manuellement lors de l’annotation. La table Provenance des Gènes ou objets Assimilés (PGA) dont le contenu est donné dans le tableau 45 est prévue à cet effet.

Clef	Origine Gène
1	Flybase
2	Ajout

Les nouvelles entités biologiques que sont les complexes de gènes, les complexes de protéines ou les familles de protéines sont liées aux gènes déjà présents par une relation d’appartenance. L’ensemble de ces liens est contenu dans la table dite de filiation. Le tableau 46 donne un extrait de cette table. Cette table est intitulée FGA pour Filiation Gène ou Assimilé.

Clef Filiation	Objet fils	Objet père	Classe du père
4	abdominal A (abd-A)	bithorax complex (BXC)	Complexe de gènes
5	Abdominal B (Abd-B)	bithorax complex (BXC)	Complexe de gènes
6	Ultrabithorax (Ubx)	bithorax complex (BXC)	Complexe de gènes
95	sloppy paired 2 (slp2)	Sloppy paired (slp)	Complexe de gènes
94	sloppy paired 1 (slp1)	Sloppy paired (slp)	Complexe de gènes
133	Antennapedia (Antp)	Antennapedia complex (ANT-C)	Complexe de gènes
143	Polycomb (Pc)	Polycomb group (Pc-G)	Complexe de protéines
2	Actin 42A (Act42A)	Actin	Famille de protéines
20	Actin 88F (Act88F)	Actin	Famille de protéines
19	Actin 87E (Act87E)	Actin	Famille de protéines
18	Actin 79B (Act79B)	Actin	Famille de protéines
17	Actin 57B (Act57B)	Actin	Famille de protéines
1	Actin 5C (Act5C)	Actin	Famille de protéines

a. Structure de données pour les gènes ou objets assimilés

b.