c. Mise en forme relationnelle

Les données importées ont été retraitées pour se conformer au schéma relationnel de la base. En effet, après l’import, les données sont présentes dans une table unique. Ainsi des informations hétérogènes se retrouvent mêlées dans une structure unique. Par exemple, une table fraîchement importée va pouvoir donner simultanément des informations sur les gènes comme le numéro Flybase de chaque gène, et des informations sur des définitions de gènes. Pourtant ces deux informations doivent être placées dans des tables distinctes d’après le schéma relationnel de la base tel que nous l’avons défini. Un travail de structuration des données est nécessaire pour mettre les données en conformité avec la structure que nous avons choisie.

Le fichier qui sert à l’import est dit plat. Cela signifie que dans ce fichier, les données hétérogènes, que sont labels, gènes, définitions etc., ne sont pas nettement séparées. A l’opposé, dans un fichier de base de données relationnelle, les données hétérogènes sont clairement séparées car elles sont placées dans des tables distinctes.

La mise en forme relationnelle consiste à aller extraire de la table importée les informations qui doivent être placées dans les différentes tables. Ceci est réalisé par une succession de requêtes. Cette opération n’a été faite qu’une seule fois. Nous n’avons donc pas créé de procédure pour automatiser cette tâche comme cela a été fait pour l’identification des gènes.