1. Partenaires mal
définis
Il arrive fréquemment que les auteurs
énoncent des interactions entre des objets qui ne sont pas des
gènes à proprement parler, mais des collections de
gènes, c’est à dire des objets de type famille de
protéines, complexe de protéines ou complexe de gènes.
L’exemple ci-dessous illustre le cas particulier d’une interaction
faisant intervenir un complexe de gènes.
Exemple 18 Interaction faisant intervenir des
groupes de gènes
Cette phrase énonce une interaction entre le
complexe de gènes Achaete-scute Complex (ASC) et le gène
daughterless (da).
The products of the achaete-scute complex and
daughterless interact to form heterodimers able to activate
transcription
Cette information ne peut, en toute rigueur, se
traduire par l’ensemble des interactions entre le gène
daughterless et les membres du complexe Achaete-scute. Cependant
le vocabulaire de l’interaction est bien présent avec ce type
d’énoncé, de sorte que l’on risque d’introduire
une distorsion dans les statistiques si on ne note aucune
interaction.
La solution idéale consiste à
mentionner l’interaction même si elle fait intervenir un groupe de
gènes comme un complexe. C’est aussi l’intérêt
d’un système de reconnaissance des gènes qui prennent en
compte les complexes de gènes. Une solution alternative, et qui a
beaucoup été employée lors de l’annotation manuelle,
consiste à noter une interaction mais sans préciser tous les
partenaires de celle-ci. Dans le cas présent seul le partenaire
daughterless sera noté, l’autre partenaire restant
vide.
L’exemple suivant illustre le cas d’une
interaction entre un gène d’une part, et une famille de
protéines d’autre part. Cette information ne peut pas se traduire
en toute rigueur par un ensemble d’interactions entre d’une part, le
gène et d’autre part, les gènes qui codent pour chacun des
éléments de la famille de protéines.
Exemple 19 Interaction faisant intervenir des
familles de protéines
Cette phrase énonce une interaction entre le
gène TATA binding protein (Tbp) et la famille de protéines
Heat-shock-protein-70 (hsp70).
Immunopurified TFIID produces a large DNase I
footprint over the hsp70, hsp26, and histone H3 promoters of
Drosophila
Ce type d’information n’a pas
été systématiquement pris en compte par les annotateurs. En
conséquence on ne connaît pas l’importance numérique
de ce type d’information.
