b. Les variantes prévues

b. Les variantes prévues

Il existe quatre types de relation de transformation qui sont prise en charge par le système.

Le type le plus important de relation de transformation est le type première lettre en majuscule. Les définitions qui sont concernés sont listées dans le tableau 20.

Tableau 20 Transformation de type première lettre en majuscule

Le label 1 était présent dans les définitions Flybase du gène, mais pas le label 2. Le label 2 a été utilisé au moins une fois pour désigner le gène.

Label 1	Transformation	Label 2	Gène
achaete	1ière lettre en majuscule	Achaete	achaete (ac)
armadillo	1ière lettre en majuscule	Armadillo	armadillo (arm)
bicoid	1ière lettre en majuscule	Bicoid	bicoid (bcd)
cactus	1ière lettre en majuscule	Cactus	cactus (cact)
daughterless	1ière lettre en majuscule	Daughterless	daughterless (da)
dorsal	1ière lettre en majuscule	Dorsal	dorsal (dl)
hb	1ière lettre en majuscule	Hb	hunchback (hb)
hunchback	1ière lettre en majuscule	Hunchback	hunchback (hb)
nos	1ière lettre en majuscule	Nos	nanos (nos)
pelle	1ière lettre en majuscule	Pelle	pelle (pll)
runt	1ière lettre en majuscule	Runt	runt (run)
scute	1ière lettre en majuscule	Scute	scute (sc)
sevenless	1ière lettre en majuscule	Sevenless	sevenless (sev)
sry delta	1ière lettre en majuscule	Sry delta	Serendipity delta (Sry-delta)
torso	1ière lettre en majuscule	Torso	torso (tor)
trithorax	1ière lettre en majuscule	Trithorax	trithorax (trx)
tube	1ière lettre en majuscule	Tube	tube (tub)
wingless	1ière lettre en majuscule	Wingless	wingless (wg)

Vient ensuite le cas de relation de transformation de type tout en majuscule. Le tableau 21 donne les définitions concernées effectivement reconnues par l’annotateur dans l’échantillon A.

Tableau 21 Transformation de type tout en majuscule

Le label 1 était présent dans les définitions Flybase du gène, mais pas le label 2. Le label 2 a été interprété au moins une fois comme une manifestation du gène par l’annotateur.

Label 1	Transformation	Label 2	Gène
Antp	Tout en majuscules	ANTP	Antennapedia (Antp)
Psi	Tout en majuscules	PSI	P-element somatic inhibitor (Psi)
tra	Tout en majuscules	TRA	transformer (tra)
UBx	Tout en majuscules	UBX	Ultrabithorax (Ubx)
Ubx	Tout en majuscules	UBX	Ultrabithorax (Ubx)
antp	Tout en majuscules	ANTP	Antennapedia (Antp)
dpp	Tout en majuscules	DPP	decapentaplegic (dpp)
scw	Tout en majuscules	SCW	screw (scw)
tolloid	Tout en majuscules	TOLLOID	tolloid (tld)
ubx	Tout en majuscules	UBX	Ultrabithorax (Ubx)

Notons que le label transformé correspond souvent à la protéine synthétisée par le gène. C’est la raison pour laquelle nous avons choisi de définir par défaut le type de ces définitions à protéine.

Vient ensuite le cas de relation de transformation de type espace transformé en tiret. Le tableau 22 donne les définitions concernées effectivement reconnues par l’annotateur dans l’échantillon A.

Tableau 22 Transformation de type espace transformé en tiret

Le label 1 était présent dans les définitions Flybase du gène, mais pas le label 2. Le label 2 a été interprété au moins une fois comme une manifestation du gène par l’annotateur.

Label 1	transformation	Label 2	Gène
Abdominal B	espace -> tiret	Abdominal-B	Abdominal B (Abd-B)
Bicaudal D	espace -> tiret	Bicaudal-D	Bicaudal D (BicD)
Sex lethal	espace -> tiret	Sex-lethal	Sex lethal (Sxl)
abdominal A	espace -> tiret	abdominal-A	abdominal A (abd-A)
even skipped	espace -> tiret	even-skipped	even skipped (eve)
gooseberry distal	espace -> tiret	gooseberry-distal	gooseberry distal (gsb-d)
gooseberry proximal	espace -> tiret	gooseberry-proximal	gooseberry proximal (gsb-p)

Vient enfin le cas de relation de transformation de type tout en minuscule ou tiret transformé en espace. Le tableau 23 donne les définitions concernées effectivement reconnues par l’annotateur dans l’échantillon A.

Tableau 23 Transformation de type tout en minuscule ou tiret transformé en espace

Le label 1 était présent dans les définitions Flybase du gène, mais pas le label 2. Le label 2 a été utilisé au moins une fois dans les textes annotés pour désigner le gène.

Label 1	transformation	Label 2	Gène
troponin-I	tiret -> espace	troponin I	wings up A (wupA)
Sry-delta	tiret -> espace	Sry delta	Serendipity delta (Sry-delta)
Phosrestin-II	tiret -> espace	Phosrestin II	Arrestin A (Arr1)
Serendipity delta	Tout en minusc.	serendipity delta	Serendipity delta (Sry-delta)
Adducin-like	Tout en minusc.	adducin-like	hu li tai shao (hts)

Bien sûr, en générant automatiquement de nouvelles définitions, on peut créer de nouvelles difficultés. En effet le label transformé peut être ambigu, c’est à dire qu’il se confond avec un terme souvent présent dans les textes mais qui n’a rien à voir avec un quelconque gène. Nous verrons à la section Partie 2 Chapitre 1 I.F comment cette difficulté peut être résolue par l’utilisation du contexte.

Par ailleurs, il est important de noter que les exemples donnés dans les sections précédentes et en particulier dans la section 4 qui traite de l’ambiguïté des labels, n’ont rien à voir avec ces nouvelles définitions. Autrement dit, les problèmes que nous avons illustrés précédemment n’ont pas été générés par l’introduction automatique de variantes sur les définitions. En effet, nous avons pris soin, dans ces exemples, de n’utiliser que des définitions, soit directement issues de Flybase, soit introduites manuellement par l’annotateur.

Pour évaluer l’importance relative de chaque type de relation de transformation nous proposons le tableau 24.

Tableau 24 Importance relative de chaque type de transformation

La colonne Effectif donne le nombre de reconnaissance faite par l’annotateur dans l’échantillon A.

Transformation	Effectif
1ière lettre en majuscule	65
Tout en majuscules	23
espace -> tiret	21
tiret -> espace	5
Tout en minuscules	4

b. Les variantes prévues

c.